Sejarah Fakultas Ushuluddin dan Studi Islam bermula dari Fakultas Ushuluddin yang mendapat persetujuan dari Menteri Agama dengan SK Nomor: 193 Tahun 1970 yang merupakan perubahan status Fakultas Ushuluddin IAIN Imam Bonjol cabang Padang Sidempuan. Pada acara peresmiannya tanggal 24 September 1970 yang kemudian bergabung dengan Fakultas Syariah dan Fakultas Tarbiyah cabang IAIN Ar-Raniry sebagai persyaratan tiga Fakultas berdirinya IAIN SU. Usaha ini berhasil dengan diterbitkannya keputusan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 97 tahun 1973 Tanggal 19 September 1973. Pada waktu itulah diresmikan IAIN Sumatera Utara oleh Menteri Agama Prof.Dr.Mukti Ali, M.A. Sejak saat itu juga resmilah Fakultas Tarbiyah dan Fakultas Syariah IAIN Ar-Raniry serta Fakultas Ushuluddin yang berdomisili di Padang Sidempuan dipindahkan ke Medan yang dilaksanakan pada tahun 1974 berdasarkan keputusan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 9 tahun 1974 tanggal 18 Februari 1974. Pada saat itu Fakultas Ushuluddin memiliki tiga jurusan: 1) Dakwah, 2) Perbandingan Agama, 3) Akidah Filsafat.
Sejalan dengan perubahan IAIN Sumatera Utara menjadi Universitas Islam Negeri Sumatera Utara sesuai peraturan Presiden Republik Indonesia Nomor 131 tahun 2014 maka Fakultas Ushuluddin merubah nomenklaturnya menjadi Fakultas Ushuluddin dan Studi Islam dan kemudian memiliki penembahan program studi (Prodi) dan sekaligus perubahan nomenklatur menjadi 1) Ilmu Alquran dan Tafsir, 2) Akidah dan Filsafat Islam, 3) Ilmu Hadis, 4) Pemikiran Politik Islam, 5) Studi Agama-Agama. Di Fakultas Ushuluddin dan Studi Islam dan sesuai tuntutan zaman, maka dikembangkanlah Prodi Ilmu Alquran dan Tafsir pada Magister (S2) dengan keputusan Direktur Jendral Pendidikan Islam kementerian Agama Republik Indonesia Nomor 106 tahun 2017.